Theo đó, dự án sẽ bao gồm các nội dung sau: Bảo tồn các cấp nền, kè đá và các bậc thang, các di vật trọng điểm (trụ đá, bệ tháp tại cos nền II); Xây dựng chùa mới bao gồm các hạng mục: Tam quan, hệ thống hành lang (bên phải và bên trái), Tam bảo, Nhà thờ Tổ, đền thờ Nguyên Phi Ỷ Lan, Nhà Tăng - Nhà khách, Nhà ăn, Nhà Vệ sinh.
Tuy nhiên, Bộ cũng lưu ý một số vấn đề:
Đối với phần bảo tồn: cần làm rõ phương án bảo tồn đối với cấp nền IV; nghiên cứu, bổ sung thêm một số phương án thiết kế hình thức kiến trúc các nhà che để đảm bảo bảo vệ tốt hiện vật và hài hòa với cảnh quan di tích; đánh giá kỹ hiện trạng của kè, bậc đá và tham khảo ý kiến của các nhà nghiên cứu khảo cổ về phương án gia cường nhằm bảo tồn cấu trúc và hình ảnh của kè và bậc đá cổ.
Đối với chùa xây mới: hành lang tại mỗi cấp nền chỉ làm một tầng mái và cần xây liền thành một khối; nghiên cứu hình thức trang trí lan can sắt đế phù hợp với tính chất công trình; làm rõ hơn phương án thiết kế cây xanh trong di tích; bổ sung thiết kế lan can đá.
Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch có ý kiến để Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Bắc Ninh chỉ đạo Chủ đầu tư và đơn vị tư vấn hoàn thiện hồ sơ, sau đó triển khai các bước tiếp theo theo quy định hiện hành
