Khởi nghĩa nông dân Yên Thế là cuộc khởi nghĩa nông dân lớn nhất, dài nhất diễn ra vào cuối thế kỷ XIX - đầu thế kỷ XX. Đề Nắm là một trong những tướng lĩnh đầu tiên lãnh đạo của cuộc khởi nghĩa. Hoàng Hoa Thám (Đề Thám) xuất hiện với vai trò là thủ lĩnh tiếp theo đã đưa cuộc khởi nghĩa lên tầm và quy mô lớn, người mà chính giới Pháp cũng phải thừa nhận, “Mỗi thế kỷ chỉ xuất hiện một lần mà thôi”.
Di tích liên quan đến cuộc Khởi nghĩa được phân bố trên một địa bàn rộng lớn, bao gồm những công trình kiến trúc cổ có liên quan đến hoạt động của nghĩa quân (đình, chùa, đền, miếu có niên đại khởi dựng vào thời Hậu Lê và thời Nguyễn thế kỷ XIX - đầu thế kỷ XX) cùng các địa điểm, đồn lũy liên hoàn của nghĩa quân, tiêu biểu là: 08 ngôi đình, 07 chùa, 06 đền, 03 đồn, 01 điếm, 01 nghè, 01 động và 05 địa điểm. Trong đó, có 23 điểm di tích đã được xếp hạng di tích quốc gia, phản ánh sinh động quá trình xây dựng lực lượng, tổ chức chiến đấu của nghĩa quân từ những ngày đầu tiên, tới những ngày cuối cùng.
1. Đình Dĩnh Thép: là nơi diễn ra Hội nghị ghi dấu thời điểm củng cố lại tổ chức của Nghĩa quân năm 1888, sau những thất bại ban đầu. Đây cũng là nơi Hoàng Hoa Thám qua lại những năm tháng cuối đời.
2. Chùa Lèo: là địa điểm liên lạc và làm nơi đón khách của nghĩa quân. Thời kỳ hoà hoãn lần thứ hai (1897 - 1909), chùa Lèo giữ vai trò là vị trí tiền tiêu, quan sát các bước xâm nhập của thực dân Pháp vào đồn Phồn Xương; được Đề Thám tu bổ và trở thành trung tâm sinh hoạt tín ngưỡng của nghĩa quân cùng nhân dân địa phương.
3. Đền Thề: là nơi tổ chức hội thề của nghĩa quân. Lễ Cầu may rằm tháng Giêng chính là dịp Đề Thám thăm viếng các thân nhân, tử sĩ của nghĩa quân.
4. Đồn Hố Chuối: là căn cứ lớn, nơi phòng thủ kiên cố, tập trung nhiều nghĩa quân và có vai trò quan trọng nhất cuộc khởi nghĩa; là nơi diễn ra nhiều trận đánh ác liệt giữa nghĩa quân và quân Pháp.
5. Chùa Thông: ghi dấu nhiều sự kiện lịch sử gắn với cuộc khởi nghĩa; là nơi ký Hiệp ước điều đình giữa nghĩa quân và thực dân Pháp. Lễ hội chùa được tổ chức hàng năm vào ngày 15-16/3 (Dương lịch).
6. Đồn Phồn Xương (đồi Gồ, đồi Cụ): xây dựng năm 1896. Phía sau Đồn là doanh trại, chiến lũy của nghĩa quân. Đề Thám đã cho xây dựng một bát quái trận với nhiều đồn lũy thông nhau; là nơi trấn giữ con đường độc đạo vào căn cứ; là đại bản doanh, nơi giao dịch của nghĩa quân với khách.
7. Đồn Hom: xây dựng năm 1891; có 4 đồn được xây dựng trên 4 ngọn núi hiểm trở trong dãy núi Cai Kinh bao bọc khu Đồng Khách. Đồn Hom là căn cứ an toàn của cuộc khởi nghĩa. Tại đây đã diễn ra hai trận chiến đấu nổi tiếng vào tháng 3/1892 và tháng 2/1909, đặc biệt là chiến thắng của nghĩa quân ngày 25/3/1892.
8. Động Thiên Thai: là một trong “Thất diệu đồn điền” do Kỳ Đồng Nguyễn Văn Cẩm (1875 - 1929) lập ra. Thất diệu đồn điền được bố trí tựa như 7 ngôi sao sáng của chòm sao Bắc Đẩu, gồm bảy khu (hay bảy trại): nhất, nhì, ba, tư, năm, sáu và khu Động Thiên Thai.
9. Đền Cầu Khoai (đền Cô): là căn cứ được xây dựng năm 1524; thờ 2 người con gái của Đàm Thuận Huy (vị quan thanh liêm, chính trực thời Lê Thánh Tông, người có nhiều công lao với nhân dân vùng đương thời) là: bà Đàm Thị Dung Hoa và bà Đàm Thị Quế Hoa. Lễ hội Đền được tổ chức vào ngày 23 tháng Giêng.
10. Đình Đông: là nơi Hoàng Hoa Thám đã cùng hơn 400 binh sỹ làm lễ tế cờ xuất trận; được xây dựng từ thời Hậu Lê; thờ Trương Hống, Trương Hát; còn giữ được nhiều tài liệu, hiện vật cổ, quý giá như: các bức hoành phi, đại tự, câu đối, hương án, bài vị, hòm đựng sắc và một số đồ thờ bằng gỗ khác.
11. Chùa Kem (Sùng Nham tự): là nơi Đề Thám cùng nghĩa quân đã về đóng quân và đắp luỹ, làm tường thành, làm nhà, luyện tập quân sự. Dấu tích còn lưu lại là: tường luỹ, nền nhà quan, giếng quan, trạm gác, cột cờ. Chùa còn là nơi để chiêu binh đánh Tây, cất dấu lương thực, vũ khí và hội họp.
12. Khu lưu niệm danh nhân Hoàng Hoa Thám (gồm có đình, đền, chùa, điếm, cố trạch và phần mộ người thân của Hoàng Hoa Thám) gồm: Đình làng Trũng thờ Thánh Cao Sơn và Quý Minh Đại vương. Sau khi Đề Thám mất, nhân dân địa phương đã thờ Ông ở trong đình cùng với Thành Hoàng làng. Đình nay chỉ còn lại nền móng. Chùa làng Trũng xưa được xây dựng ở phía sau đình. Sau khi Hoàng Hoa Thám mất, đình Trũng bị hư hỏng, nhân dân địa phương đã đưa Ông vào phối thờ trong chùa. Đền thờ Hoàng Hoa Thám: là nơi thờ phụng, tưởng niệm Đề Thám. Điếm làng Trũng: Sau khi cuộc khởi nghĩa Yên Thế thất bại, Đại Trận và Đề Thám mất, nhân dân làng Trũng đã thờ hai ông ở đây. Nhân dân địa phương đã đúc tượng chân dung hai vị để thờ. Nơi ở của danh nhân Hoàng Hoa Thám thời niên thiếu: là nơi Đề Thám sống thuở nhỏ và lui về trong giai đoạn khởi nghĩa; có tấm bia lưu danh. Khu phần mộ thân tộc của Hoàng Hoa Thám được xây dựng phía trước chùa, cạnh đền.
13. Cụm di tích Cầu Vồng (đình, chùa, đền, nghè Vồng): được xây dựng từ thời Hậu Lê, tu sửa nhiều lần vào thời Nguyễn và sau này. Nghĩa quân tế cờ tại đây trong mỗi lần xuất quân.
14. Đình, chùa Hả: được xây dựng từ thời Hậu Lê. Đình Hả (đình Phúc Thọ) thờ Thành hoàng làng Cao Sơn - Quý Minh và Lương Văn Nắm (tức Đề Nắm). Ngày 16/3/1884, Đề Nắm đã làm lễ tế cờ, chính thức phát động cuộc khởi nghĩa; lễ hội tưởng nhớ Ông được tổ chức vào ngày 15, 16 tháng Giêng.
15. Đình Dương Lâm: là một ngôi đình cổ, được xây dựng từ thời Hậu Lê; thờ Thánh Cao và ba vị Quận công: Dương Đình Bột, Dương Đình Tuấn, Dương Đình Cúc; là nơi tổ chức nhiều cuộc họp quan trọng của nghĩa quân.
16. Đình Cao Thượng: thế kỷ XVII; thờ Cao Sơn - Quý Minh. Đề Thám đã cho lập căn cứ ở trên núi Yên Ngựa (khu vực đình Cao Thượng) và thường tổ chức hội họp, lui tới đình. Hội được mở từ 12 - 14 tháng Giêng.
17. Đình Nội (Tiên đình): thờ Cao Sơn - Quý Minh, là ngôi đình to đẹp nổi tiếng, được xây dựng vào đời vua Lê Hiển Tông. Đề Thám xoay đình về hướng Đông Nam, xây thêm 2 tả vu, hữu vu và nghi môn.
18. Đình làng Chuông: được dựng thời Hậu Lê; còn lưu giữ được nhiều sắc phong và đồ thờ quý như: Kiệu bát cống, chấp kích, bát bửu, tàn lọng,...Tại đây, Hoàng Hoa Thám đã tổ chức nhiều cuộc họp quan trọng, tổ chức những trận đánh lớn.
19. Chùa Phố (Nam Thiên tự): thực dân Pháp sử dụng khu đất này làm chợ, khu nhà kho của Sécnay (chủ bút báo Tương lai xứ Bắc Kỳ), khu nhà của đốc tờ Zina và làm bãi tập. Chùa Phố là cơ sở cách mạng của Đảng ta trong thời kỳ 1943 -1945.
20. Đền Gốc Khế: là nơi thờ Mẫu và Đại vương Trần Quốc Tuấn; nơi hoạt động của nhiều tướng lĩnh của nghĩa quân như: Đề Công (Tạ Văn Công), Đề Nguyên (Tạ Văn Nguyên), Đề Cần (Tạ Văn Cần), Thống Ngò (Tạ Văn Khấu), Quản Khối (Giáp Văn Khối),...
21. Đền thờ Cả Trọng (đền Gốc Dẻ): là ngôi đền đầu tiên thờ Cả Trọng - con trai cả của Đề Thám và cũng là một vị chỉ huy tài giỏi của nghĩa quân.
22. Ao Chấn Ký: là nơi thực dân Pháp thả tro cốt đầu Hoàng Hoa Thám và hai thủ hạ thân tín của ông.
23. Nghĩa địa Pháp, đồi Phủ: nơi chôn cất những lính Pháp, Việt (theo Pháp) chết trận khi giao chiến với nghĩa quân Yên Thế. Đồi Phủ là địa điểm tập kết của quân Pháp cho các cuộc hành binh; là nơi hai lần chứng kiến nhiều sự kiện liên quan đến hai cuộc hoà hoãn giữa thực dân Pháp và Đề Thám.
Tại những khu di tích này, ngoài những hiện vật liên quan tới sinh hoạt văn hóa tín ngưỡng vốn có của di tích, còn có nhiều hiện vật liên quan tới cuộc khởi nghĩa (405 hiện vật liên quan trực tiếp tới cuộc khởi nghĩa và hàng trăm hiện vật khác tại các di tích). Nhiều hiện vật trong số này hiện được bảo quản, trưng bày tại nhà truyền thống về cuộc khởi nghĩa tại Khu Phồn Xương, để góp phần vào công tác giáo dục truyền thống.
Với những giá trị đặc biệt của di tích, Thủ tướng Chính phủ đã quyết định xếp hạng di tích lịch sử Những địa điểm khởi nghĩa Yên Thế là Di tích quốc gia đặc biệt (Quyết định số 548/QĐ-TTg ngày 10 tháng 5 năm 2012).