Tổng diện tích Khu lưu niệm rộng hơn 10ha, gồm hệ thống nhà cửa, sân, vườn, thảm cỏ, ao cá, đường đi, trong đó nổi bật là 3 điểm di tích thành phần: Nhà 54, Nhà sàn của Bác và Nhà 67.
Nhà 54
Chủ tịch Hồ Chí Minh từng ở và làm việc tại ngôi nhà này trong khoảng thời gian gần 4 năm (từ tháng 12 năm 1954 đến giữa tháng 5 năm 1958). Sau đó, Người chuyển sang ở ngôi nhà sàn, được xây dựng trong khu vườn Phủ Chủ tịch, nhưng Người vẫn trở về nơi đây để dùng cơm hàng ngày và khám sức khoẻ định kỳ. Bởi vậy, Nhà 54 vẫn là nơi gắn bó với cuộc sống thường nhật của Chủ tịch Hồ Chí Minh trong suốt 15 năm cuối cùng của cuộc đời.
Nhà 54 có ba phòng, phía giáp ao là phòng làm việc và cũng là nơi Người tiếp khách, ở giữa là phòng ăn, kế tiếp là phòng ngủ.
Tại phòng ăn của Chủ tịch Hồ Chí Minh hiện đang trưng bày một bộ đồ ăn Người thường sử dụng hàng ngày. Trong phòng ngủ, đồ dùng sinh hoạt của Chủ tịch Hồ Chí Minh cũng thật đơn giản, như mọi người dân bình thường: một bộ bàn ghế để Người đọc sách ban đêm, một chiếc giường nhỏ đơn giản không kiểu cách, cầu kỳ, một chiếc tủ đựng quần áo - trong tủ chỉ có vài ba bộ quần áo Người mặc hàng ngày và bộ quần áo kaki Người dùng khi tiếp khách hoặc đi công tác...
Tổng số tài liệu hiện vật ở trong Nhà 54 gần 400 đơn vị, riêng hiện vật thuộc chất liệu giấy đã có hơn 300 đơn vị. Có thể coi đây là những bằng chứng xác thực nhất, gây ấn tượng mạnh mẽ, xúc động nhất về một cuộc sống thường nhật hết sức thanh bạch, giản dị, nhưng ngăn nắp, khoa học của Chủ tịch Hồ Chí Minh.
Nhà sàn của Bác
Đây là nơi Chủ tịch Hồ Chí Minh ở và làm việc về mùa hè, cũng là nơi Người họp, trao đổi công việc với các đồng chí trong Bộ Chính trị, cán bộ phụ trách các Bộ, ngành hoặc các địa phương, đặc biệt là cán bộ, chiến sĩ miền Nam ra miền Bắc chữa bệnh và công tác.
Tầng trên của Nhà sàn có một phòng làm việc và một phòng ngủ của Người. Phòng làm việc có đặt một bàn, một ghế, một giá sách. Ngăn dưới cùng của giá sách là chiếc máy chữ, được Chủ tịch Hồ Chí Minh sử dụng hàng ngày như một cây bút.
Tại phòng ngủ, tiện nghi sinh hoạt của Người thật đơn giản: chiếc giường gỗ trải chiếu cói, mùa đông có thêm tấm đệm, chăn bông và một lò sưởi điện nhỏ.
Trên bàn làm việc ở phòng ngủ của Người vẫn còn một số sách, tạp chí, chiếc mũ cát và chiếc đài bán dẫn của bà con Việt kiều Thái Lan kính biếu Người. Trên chiếc tủ nhỏ đặt ở đầu giường vẫn còn chiếc đồng hồ và cuốn sách Cuộc kháng chiến chống xâm lược Nguyên Mông thế kỷ XIII mà Người đang đọc dở.
Chủ tịch Hồ Chí Minh từng ở và làm việc tại ngôi nhà này trong khoảng 11 năm cuối đời (1958 - 1969).
Hiện nay, gần 250 tài liệu của Bác và toàn bộ kiến trúc, khuôn viên của Nhà sàn vẫn được bảo quản, giữ gìn như những ngày cuối cùng Chủ tịch Hồ Chí Minh sống và làm việc ở đây.
Nhà 67
Ngôi nhà này nằm phía sau Nhà sàn (cách khoảng 30m), được khởi công xây dựng ngày 1/5/1967, khánh thành ngày 20/7/1967. Đây là nơi Chủ tịch Hồ Chí Minh thường họp với Bộ Chính trị, cũng là nơi Người làm việc trong thời gian đế quốc Mỹ leo thang đánh phá miền Bắc (1967 - 1969), nơi Người chữa bệnh và qua đời, nên thường được gọi là Nhà 67 hoặc DK2.
Vào năm 1967, cuộc phiêu lưu mở rộng chiến tranh phá hoại miền Bắc bằng không quân, hải quân của đế quốc Mỹ ngày càng trở nên ác liệt; Hà Nội, Hải Phòng và một số thành phố khác cùng nhiều khu công nghiệp bị bắn phá ngày đêm. Trước tình hình đó, Bộ Chính trị đã quyết định xây dựng ở phía sau Nhà sàn một ngôi nhà kiên cố, phía bên phải có hầm phòng không, để đảm bảo an toàn tuyệt đối cho Người khi máy bay Mỹ bắn phá bất ngờ. Các đồng chí cán bộ, chiến sĩ ở Cục Công trình, thuộc Bộ Tư lệnh Công binh được giao nhiệm vụ thiết kế và xây dựng công trình này. Tường nhà dầy hơn 60cm, trần nhà dày hơn 1 mét, đều được làm bằng bê tông, cốt thép…
Chủ tịch Hồ Chí Minh không nhận ngôi nhà này cho riêng mình. Người đề nghị sử dụng làm nơi họp Bộ Chính trị, làm việc với các đồng chí Trung ương để bàn những vấn đề quan trọng của đất nước. Từ ngày 25/8/1969 trở đi, Chủ tịch Hồ Chí Minh lâm bệnh nặng, diễn biến bệnh tình mỗi ngày một xấu và phức tạp. Theo quyết định của Bộ Chính trị, Nhà 67 trở thành nơi điều trị bệnh cho Người. Các đồng chí trong Bộ Chính trị, các giáo sư, bác sĩ đầu ngành đều tập trung về đây để chăm lo sức khoẻ cho Bác. Vì tuổi cao, sức yếu, Chủ tịch Hồ Chí Minh không vượt qua được cơn bệnh hiểm nghèo. Chiếc đồng hồ trên tủ nhỏ ở cạnh giường và cuốn lịch treo tường dừng lại thời khắc Người đi xa: 9 giờ 47 phút, ngày 02/9/1969.
Bốn mươi năm qua, trong ngôi nhà này, gần 100 tài liệu, hiện vật vẫn được gìn giữ, xếp đặt vẹn nguyên như xưa, luôn gợi lại những hoạt động và những vấn đề của Chủ tịch Hồ Chí Minh đang quan tâm trong những ngày cuối đời của Người.
Có thể khẳng định rằng, Khu lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch là một trong những di tích có giá trị đặc biệt trên nhiều phương diện.
Trong 15 năm sống tại đây, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã cùng Bộ Chính trị Trung ương Đảng, Chính phủ đề ra đường lối chiến lược, sách lược đúng đắn cho cách mạng Việt Nam và lãnh đạo nhân dân vượt qua những thử thách cam go ác liệt để thực hiện đồng thời hai nhiệm vụ chiến lược: xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc, đấu tranh chống đế quốc Mỹ và bè lũ tay sai, giải phóng miền Nam tiến tới thống nhất đất nước; góp phần tích cực vào cuộc đấu tranh vì độc lập dân tộc, dân chủ, vì hoà bình và tiến bộ xã hội của thế giới.
Khu di tích cũng là nơi sinh thời Chủ tịch Hồ Chí Minh tổ chức các cuộc đón tiếp các đoàn khách quốc tế, gặp gỡ đại biểu nhân dân Việt Nam. Khu di tích, với việc lưu giữ vẹn nguyên nơi ở, sinh hoạt và làm việc của Bác lúc sinh thời, chính là nơi lưu giữ hết sức cụ thể mà xúc động, thiêng liêng, hình ảnh một vị lãnh tụ suốt đời quên mình vì đất nước, nhưng cũng là một vị lãnh tụ có cuộc sống thường nhật hết sức giản dị, gần gũi, thanh cao.
Với tất cả những ý nghĩa đó, sau ngày Chủ tịch Hồ Chí Minh đi xa, nơi Người ở và làm việc cùng với các di tích, kỷ vật ở đây đã trở thành những vật chứng quý giá, biểu tượng thiêng liêng về cuộc sống, hoạt động của Người trong 15 năm cuối đời, phản ánh những giá trị cao đẹp nhất của tư tưởng và đạo đức Hồ Chí Minh.
Với những giá trị lịch sử, văn hóa và khoa học đặc biệt của Khu lưu niệm, Thủ tướng Chính phủ đã quyết định xếp hạng Di tích lịch sử Khu lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch (quận Ba Đình, thành phố Hà Nội) là di tích quốc gia đặc biệt (Quyết định số 1272/QĐ-TTg, ngày 12/8/2009).