Theo Viện Khảo cổ, trong quá trình thực hiện dự án khai quật khảo cổ tại lô E, Vườn Hồng, đã phát hiện và làm xuất lộ di tích kiến trúc tâm linh đặc biệt thời Lý. Sau khi nghiên cứu, tập hợp ý kiến của các nhà khoa học trong và ngoài nước, di tích được xác định là Di tích tế lễ trời - đất của các hoàng đế đầu thời Lý. Đây cũng là di tích văn hóa tâm linh thuộc loại sớm nhất ở Việt Nam, độc đáo chỉ có ở kinh đô đầu triều Lý. Công trình thể hiện tinh thần tự chủ tự cường cao của Đại Việt thời Lý.
Với những giá trị này, tháng 5-2014, Văn phòng Chính phủ có văn bản thông báo ý kiến kết luận của Thủ tướng “chưa triển khai xây dựng phần diện tích bãi xe ngầm tại khu vực có di tích tâm linh thời Lý phát hiện được tại lô E khu khai quật khảo cổ học Vườn Hồng”. Đồng thời, văn bản của Văn phòng Chính phủ cũng ghi rõ “Giao Bộ Xây dựng chủ trì, phối hợp với UBND TP Hà Nội và Viện Hàn lâm khoa học xã hội Việt Nam nghiên cứu để tính toán dự kiến điều chỉnh thiết kế, dự toán khu vực xây dựng đường hầm và bãi đỗ xe ngầm của công trình Nhà Quốc hội trong điều kiện bảo tồn tại chỗ, nguyên trạng di tích kiến trúc tâm linh, đề xuất báo cáo Thủ tướng Chính phủ”.
Tuy nhiên, trong quá trình thi công xây dựng gara ngầm khu vực có kiến trúc tâm linh đặc biệt, do không phối hợp với Viện Khảo cổ học, thiếu sự giám sát chặt chẽ của BQL dự án, thi công trong điều kiện bản vẽ điều chỉnh thiết kế và biện pháp thi công chưa được phê duyệt nên nhà thầu thi công đã gây ảnh hưởng trực tiếp đến di tích như: tập kết vật liệu, vật tư, xả rác thải sinh hoạt, xả bùn bentonize vào trong khu vực di tích. Nghiêm trọng hơn, nhà thầu thi công của BQL dự án còn đưa máy móc vào thi công cách kiến trúc trung tâm của khu di tích 1,5m, gây nguy hại trực tiếp đến tính nguyên trạng, tại chỗ của di tích.
Viện Khảo cổ học đã có nhiều cuộc họp kiến nghị BQL dự án tuyệt đối không gây ảnh hưởng nguy hại đến khu vực di tích, xác định ranh giới bảo vệ khu vực di tích. Để bảo vệ khu di tích tránh bị xâm hại, Viện Khảo cổ học cũng có văn bản về việc phối hợp bảo vệ và xây dựng phương án bảo tồn nguyên trạng di tích kiến trúc tâm linh đặc biệt thời Lý tại Lô E khu vực khai quật khảo cổ học Vườn Hồng trong đó đề nghị BQL dự án thực hiện theo đúng ý kiến kết luận của Thủ tướng Chính phủ, dừng việc thi công khu vực bảo vệ di tích với diện tích tối thiểu 388m².
Tuy nhiên, chiều tối 28-10, ngay sau khi Viện Khảo cổ học có văn bản về việc phối hợp bảo vệ nguyên trạng tại chỗ khu vực di tích, nhà thầu thi công của BQL dự án đã xâm hại trực tiếp vào khu vực di tích. Cụ thể: tự ý chuyển dịch mốc ranh giới phạm vi tối thiểu bảo vệ khu vực đã được xác định; đào rãnh rộng 2,5m, sâu 0,8m ngay sát với di tích kiến trúc phía Đông của khu vực kiến trúc tâm linh đặc biệt đang được bảo tồn tại chỗ nguyên trạng. Chính vì thế, Viện Khảo cổ học đã ngay lập tức có văn bản gửi các đơn vị liên quan để tìm ra giải pháp hợp lý không xâm hại đến di tích./.
