Tượng đồng chân dung danh tướng Tôn Thất Thuyết tại phủ thờ của ông
Kinh qua nhiều chức vụ quan trọng
Theo sử liệu của Nguyễn Phước Tộc ghi lại thì ông là người cao lớn, vạm vỡ, ham hoạt động và rất giỏi võ nghệ, không chuộng trang sức bề ngoài, ít nói nhưng tính tình nóng nảy và trực ngôn. Tuy đam mê võ bị nhưng ông lại khởi đầu con đường quan lộ của mình bằng con đường văn chương. Năm Tự Đức thứ 22 (1869), ông giữ chức Án sát tỉnh Hải Dương. Đến tháng 6 năm canh ngọ (1870) ông được sung làm biện lý hộ bộ. Qua tiếp tháng 10 năm đó, do yêu cầu tình hình rối ren vùng biên giới phía Bắc, ông chuyển sang làm Tán Tướng Quân vụ Sơn Tây giúp Thống Đốc Quân Vụ Hoàng Kế Viêm phụ trách việc tiểu phỉ vùng biên giới phía Bắc.
Trong công tác ông luôn là người năng nổ, hăng hái, lại lắm cơ mưu. Tiếp sau đó, ông được thăng hàm Quang Lộc Tự Khanh làm Tán Lý Quân Thứ Thái Nguyên rồi Bố Chính Hải Dương. Ba năm sau, tức năm 1873, ông được thăng làm Tham Tán Quân Vụ kiêm Thự Tham Tri Bộ Binh. Tháng 11 năm 1873, ông cùng Hoàng Kế Viêm phối hợp với quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc phục binh tại Cầu Giấy (Hà Nội) giết chết Francis Garnier. Đây là viên tướng chỉ huy của quân đội Pháp trong việc tấn công Bắc kỳ lần 1. Chiến công này của ông cùng các tướng lãnh đã làm nức lòng giới sĩ phu bắc kỳ lúc bấy giờ.
Năm giáp tuất (1874) tiếp tục được thăng làm Hữu Tham Tri Binh Bộ tước Vệ Chính Nam. Sau đó giữ chức Tuần Vũ Sơn Tây kiêm Tham Tán Đại Thần. Năm Ất hợi (1875) ông được cử làm Tổng Đốc 4 tỉnh Bắc Ninh, Thái Nguyên, Lạng Sơn, Cao Bằng rồi tiếp tục làm Hiệp Đốc Quân Vụ Đại Thần.
Tháng 11.1881, Vua Tự Đức cho gọi ông về Phú Xuân giữ chức Thự Thượng Thư Binh Bộ năm sau kiêm thêm chức Hải Phòng Sứ Kinh Thành Huế. Năm quý Mùi (1883) ông giữ chức Thượng Thư Binh Bộ và được cư vào Cơ Mật Viện. Tới đây, sau 14 năm thăng tiến dần trên con đường quan lộ, Tôn Thất Thuyết đã tạo được danh tiếng và uy thế trong triều đình nhà Nguyễn, kinh qua nhiều chức vụ khác nhau trên khắp nước Đại Nam thời bấy giờ. Tôn Thất Thuyết cùng với Nguyễn Văn Tường được vua Tự Đức tin tưởng để gửi thác con côi sau khi vua qua đời.
Theo ông Tôn Thất Biên, phòng IV hệ V: "Tôn Thất Thuyết sở dĩ kinh qua được nhiều chức vụ quan trọng trong triều đình ngoài việc nhờ vào khả năng của mình thì vẫn còn đó giai thoại về một truyền thuyết Long mạch tụ khí "không phát vương thì cũng phát tướng" trong mộ Nguyên soái Nguyễn Phúc Thuần. Sau này quả nhiên ứng nghiệm vào con đường quan lộ của Tôn Thất Thuyết".
“Tứ nguyệt tam vương, triệu bất tường”
Sau khi vua Tự Đức qua đời, triều đình nhà Nguyễn hết sức bối rối, khi ấy quân Pháp bỏ việc tấn công bắc kỳ, đánh thẳng vào cửa biển Thuận An. Khi ấy, Tôn Thất Thuyết, Nguyễn Văn Tường, Trần Tiễn Thành là 3 vị phụ chính đại thần phụ chính cho vua Dục Đức.
Trước nguy cơ mất nước, ông đứng về phe chủ chiến trong triều đình, bên cạnh đó việc đang kiêm chức Thượng Thư Binh Bộ khiến ông có trong tay toàn bộ quân đội của triều đình nhà Nguyễn. Một mặt ông bí mật liên hệ với giới sĩ phu bắc kỳ lo việc kháng chiến, mặt khác ông lại cho tích trữ lương thực, quân bị ở miền trung nhằm kháng chiến lâu dài về sau. Bên cạnh đó, ông cùng Nguyễn Văn Tường phế trất các vua Dục Đức, Hiệp Hòa vì những vua này có ý thân Pháp. Những ai có xu hướng thủ hòa với Pháp đều bị Tôn Thất Thuyết diệt trừ. Sau khi đưa vua Kiến Phúc lên ngôi, ông càng tỏ rõ ý định chống Pháp ra mặt. Vua Kiến Phúc đột ngột băng hà, có thuyết cho rằng vua bị Nguyễn Văn Tường giết hại. Lo sợ mất quyền hành khi đưa Ưng Kỷ lên nối ngôi, Tôn Thất Thuyết cho lập Ưng Lịch lên ngôi tức vua Hàm Nghi.
Sau 4 tháng, Tôn Thất Thuyết cùng Nguyễn Văn Tường đã phế rồi lập tổng cộng 3 vua, đều này dân gian cho đó là điều bất thường (triệu bất tường) trong lịch sử phong kiến hàng nghìn năm của nước ta. Cùng thời gian trên, triều Nguyễn đã ký với Pháp hòa ước giáp thân (1884) hay hòa ước Patenôtre chính thức công nhận sự bảo hộ của Pháp trên toàn cõi Việt Nam.
Việc đưa vua Hàm Nghi lên ngôi mà không hỏi ý kiến người Pháp đã làm cho chúng bất bình và ngày càng thấy rõ Tôn Thất Thuyết là trở ngại lớn nhất cho việc thực hiện âm mưu cai trị Việt Nam của chúng nên chúng quyết tâm loại bỏ Tôn Thất Thuyết bằng mọi giá. Tướng De Courcy đưa quân từ Hà Nội vào Huế cũng nhằm thực hiện ý đồ đó. Tôn Thất Thuyết cũng biết được ý đồ đó của người Pháp nên đã âm thầm chuẩn bị lực lượng nhằm tạo cuộc binh biến chớp nhoáng, đánh phủ đầu người Pháp…
Còn tiếp...