Điểm nổi bật của hang Con Moong là các địa tầng đều vẫn giữ được nguyên vẹn dấu vết của quá trình phát triển liên tục từ con người thời tiền sử, thời đồ đá cũ đến đồ đá mới... từ săn bắn, hái lượm đến trồng trọt, từ trước nền văn hóa Sơn Vi đến văn hóa Hòa Bình, Bắc Sơn và Đa Bút. Niên đại sớm nhất của hang Con Moong được dự đoán 40.000 - 60.000 năm trước. Đây là một trong số ít những di chỉ khảo cổ học có địa tầng dày và được bảo tồn tốt nhất hiện nay ở Việt Nam và khu vực Đông Nam Á.
Các tầng lớp dấu vết lưu giữ xuất hiện của người Việt cổ trong hang minh chứng những giá trị lịch sử tiến triển của các nền văn hóa cổ đại.