Vườn tháp chùa Bổ Đà nằm ở bên trái khu nội tự và vườn chùa, trên một sườn dốc thoai thoải của ngọn núi Tiên Sơn. Toàn bộ khu vườn có diện tích gần 8.000m2, được bao quanh bằng đá núi, gạch chỉ và tường đất ngăn cách với xung quanh để giữ thanh tĩnh cho giấc ngủ ngàn thu của các nhà tu hành đắc đạo.
Trải qua gần 300 năm kể từ khi Thiền phái Lâm Tế du nhập và Bổ Đà được các nhà tu hành chọn làm nơi an nghỉ, sơn môn Bổ Đà đã xây dựng tất cả 97 ngôi tháp, mộ lớn nhỏ.
Trong vườn tháp ta thấy đa số là những ngôi tháp ba, bốn tầng với độ cao từ ba đến năm mét, riêng mấy ngôi tháp sư tổ thì đồ sộ cao rộng hơn. Tàng chứa trong 97 ngôi tháp cổ là xá lị, tro cốt của trên 1.200 nhà sư của dòng Lâm Tế cũng như của một số phật tử. Điều độc đáo mà du khách được chiêm bái ở vườn tháp chùa Bổ Đà, đó là trong vườn có cả tháp mộ sư tăng, sư ni (điều hiếm thấy ở các dòng phái khác). Tháp mộ sư tăng trên đỉnh tháp bao giờ cũng gắn bình cam lộ đặt trên tòa sen. Tháp sư ni thì khác, đỉnh tháp mộ lại được gắn một búp sen... nhìn các dấu hiệu này, có thể biết được có bao nhiêu vị tăng, ni viên tịch và yên nghỉ ở chốn này.
Kỹ thuật xây dựng các ngôi tháp chùa Bổ Đà cũng là một điều kỳ diệu mà đến nay vẫn khiến nhiều người thán phục. Giống như cách thức xây dựng những ngôi tháp chăm ở Khu đền tháp Mỹ Sơn (Quảng Nam), tất cả các ngôi tháp đều được làm từ đá và gạch nung, chúng được kết dính với nhau bằng mật mía trộn với bột đá, bột giấy bản nên rất bền và mịn. Thời gian, mưa nắng chỉ rửa trôi chút ít bề mặt nhưng cũng tạo nên nét rêu phong cổ kính càng khiến các ngôi tháp mang vẻ thâm nghiêm, trầm mặc.
Vườn tháp Bổ Đà sơn từ lâu được xem như một công trình kiến trúc độc đáo, cùng hệ thống nội tự, cổng chùa, tường đất... lưu giữ nhiều nét đặc trưng kiến trúc Việt cổ và vườn cây đại thụ... góp phần tôn vinh giá trị kiến trúc và tâm linh cho danh lam cổ tự Bổ Đà. Đó sẽ là một điểm đến không thể thiếu của phật tử và du khách thập phương mỗi khi có dịp về với vùng quê Kinh Bắc giàu truyền thống và hiếu khách.