Theo sử liệu còn lưu lại tại nơi đây, ngay những năm đầu mới lên ngôi, vua Lê Hiển Tông (1740 - 1786) đã cho tiến hành xây dựng Y Miếu ở phía tây kinh thành Thăng Long, thuộc huyện Quảng Đức, để thờ tiên thánh và các vị danh y lớn.
Vào năm Canh Ngọ (1750), Xuyên Hầu và Ngoạn Quận công bắt đầu dựng xây Y miếu, nhưng còn rất sơ sài. Đến năm Cảnh Hưng thứ 34 (1773), Chưởng viện Thái y Trịnh Đình Ngoạn đứng ra trông coi việc xây dựng Y Miếu với quy mô khá rộng lớn.
Khám thờ hai vị danh y
Tấm bia của Viện Thái y hiện còn tại chùa Phổ Giác, phố Ngô Sĩ Liên (gần Y Miếu), khắc vào năm Giáp Ngọ (1774) niên hiệu Cảnh Hưng 35 có ghi lại việc chọn đất xây dựng Y Miếu.
Nội dung văn bia nói rõ việc vua lệnh cho Viện Thái y chọn đất, nhận lĩnh tiền xây dựng Y Miếu. Công việc đã có sự lần lữa, chậm trễ, rồi bị bỏ lơi đi một thời gian. Mãi sau có Trịnh Hầu, người xã Định Công, huyện Thanh Trì, tinh thông kinh sử nhiều đời làm thuốc và đến ông thì đã nghiên cứu đến nơi đến chốn nhiều bài thuốc tâm đắc của mọi nhà, nên hăng hái đứng ra xây dựng đền miếu.
Nhận thấy khoảnh đất công giáp phía tây Phượng Thành, bên trái Văn Miếu, lại có dòng nước bao quanh, cách biệt nơi bụi bặm ồn ào có thể xây dựng được, ông đã mạnh dạn tâu trình, liền được Chúa Trịnh khen ngợi chuẩn y, và ban cho 10 mẫu tự điền để dùng vào việc đèn hương, lại được mẹ của Chúa ban cho hai hốt bạc.
Noi theo thịnh tình của Quốc Thánh mẫu (mẹ Chúa), nhiều vị trong nội cung đều góp bạc, góp tiền để giúp vào việc xây dựng Y Miếu. Vậy nên chỉ vài tháng đã xong, thẳng thắn, bay bướm, cung tường lộng lẫy, dãy dọc tòa ngang, cột rường đồ sộ...
Bộ trưởng bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cùng các đồng chí lãnh đạo bộ Y tế, lãnh đạo các vụ, cục... dâng hương tại Y Miếu ngày 11/2/2017.
Thời kỳ ban đầu, Y Miếu còn được gọi là Viện Thái y, sau thì được gọi là Y Miếu Thăng Long. Sang thời Nguyễn, Y Miếu Thăng Long được trùng tu lớn và nằm trong tổng Hữu Nghiêm, sau đổi gọi là tổng Yên Hòa, huyện Thọ Xương, phủ Hoài Đức. Từ năm 1942 thì Y Miếu Thăng Long thuộc địa phận Hà Nội. Di tích Y Miếu hiện nay mang biển số nhà 90A phố 224, phường Văn Miếu, quận Đống Đa, Hà Nội.
Y Miếu không còn…y xưa
Theo ghi nhận của PV, hiện nay diện tích của Y Miếu bị thu hẹp rất nhiều. Làn sóng "nhảy dù" đã biến phần lớn diện tích đất công của Y Miếu bị chiếm dụng để thành nhà ở của không ít hộ gia đình.
Tổng diện tích còn lại của Y Miếu hiện chỉ chưa đầy 140m2 so với 3.600m2 trước đây. Y Miếu nằm lọt thỏm trong khu chợ và bị bao bọc bởi dãy nhà dân bao quanh. Nhiều nhà dân ở đây để lộ thiên cả khu nước sinh hoạt chảy qua trước Y Miếu.
Đường dẫn vào Y Miếu hiện nay là một lối nhỏ đi ngang qua khu chợ Ngô Sĩ Liên, luôn bốc mùi ẩm thấp, rác rưởi tràn ngập. Chỉ có những cư dân sống lâu năm ở đây mới biết rõ đường vào Y Miếu, bởi chỉ còn lại một cổng vòm nhỏ có gắn biển số nhà 9A, phố Y Miếu, phường Văn Miếu, Đống Đa, Hà Nội.
Y Miếu hiện nay lọt thỏm trong khu chợ đông đúc
Bà Vương Thị Thủy, trưởng phòng quản lý Di tích-danh thắng Hà Nội trong buổi trao đổi với PV cho biết: "Y Miếu có giá trị lịch sử đặc biệt, độc nhất vô nhị, không chỉ riêng của đất Thăng Long. Hiện nay khi võ miếu - biểu tượng cho Võ đạo nước Việt không còn nữa, chỉ có Y Miếu là biểu tượng duy nhất cho nền Nho y dân tộc còn hiện hữu. Đây là hai biểu tượng được sắc phong nổi tiếng của trấn Thăng Long ngày xưa. Một thực tế mà những cơ quan chức năng quản lý về văn hóa và danh thắng đều biết là Y Miếu vẫn chưa lấy lại được danh vị đúng tầm của nó".
Bà Thủy cũng khẳng định: "Vấn đề Y Miếu chưa được các ban ngành chức năng quan tâm đúng mức, chưa có sự vào cuộc quyết liệt, triệt để. Dẫn chứng là dự án “tu bổ, tôn tạo, khảo sát Y Miếu” khởi động từ năm 2000 mới chỉ thực hiện được những bước đầu tiên. Mà đà khởi động của dự án khi đó là nhờ có dịp Hà Nội tổ chức lễ kỷ niệm chào mừng 990 năm hướng tới đại lễ 1000 năm Thăng Long. Cả quãng thời gian còn lại, dự án dậm chân tại chỗ".
Bà Hoàng Thị Thảo (22 Ngô Sĩ Liên) - người được phường thuê trông coi khu miếu tâm sự: "Trước khi đến đây, Y Miếu vẫn có người trông nom nhưng do họ bỏ bê không quét dọn, tôi đến thấy chạnh lòng quá nên làm đơn xin Ban quản lý được vào trông coi miếu".
Khi hỏi về đồng lương được trả, bà cho biết: "Nói thật với chú phóng viên, tôi làm việc này xuất phát từ cái tâm là chính. Ngân sách của phường chưa có nên trông coi một thời gian rồi đã được đồng tiền công nào đâu".
Ngoài hương hoa thắp hàng ngày thì ngay cả vào rằm hàng tháng, toàn bộ phần lễ hoa quả, oản, xôi đều một mình bà làm và mua sắm. Bà làm công việc này tận tâm lắm như thể làm giỗ cho ông bà nhà mình vậy.
Với truyền thống uống nước nhớ nguồn, tôn sư trọng đạo, ngày 11/2/2017, Bộ trưởng bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cùng các lãnh đạo bộ Y tế, lãnh đạo các vụ, cục trực thuộc bộ Y tế, Công đoàn ngành y tế Việt Nam, lãnh đạo sở Y tế Hà Nội và các bệnh viện, trung tâm, chi cục trực thuộc sở Y tế Hà Nội, các lương y, lương dược, các cán bộ y bác sĩ đã đến dâng hương tại Y Miếu Thăng Long.
Tại lễ dâng hương, các lương y, lương dược, cán bộ y tế đã thành kính, tưởng nhớ cuộc đời, sự nghiệp của Thiền sư Tuệ Tĩnh và Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác. Đây là hoạt động tri ân sâu sắc, nguyện tu dưỡng, rèn luyện, học tập y thuật, y đức trong công tác điều trị, khám, chữa bệnh, chăm sóc sức khỏe nhân dân, tiếp tục kế thừa, phát huy y lý, y đạo, y thuật của các bậc danh y…