Cho đến nay, việc xây dựng Tòa Thánh Cao Đài Tây Ninh vẫn là điều bí ẩn.
Khoảng cuối thế kỷ 19, phong trào Thông linh học trở nên phổ biến sâu rộng trong giới nhân sỹ trí thức ở Châu Âu. Thuyết Thông linh cho rằng, sau khi chết, con người vẫn tồn tại ở một thế giới khác và có thể liên lạc được với người sống thông qua một dụng cụ gọi là "ouija", tức cầu cơ. Đó là từ ghép của từ "vâng, phải, không, sai, đúng" trong tiếng Pháp và tiếng Đức. Lúc đó, người ta xem cầu cơ là 1 trò chơi quý phái của giới thượng lưu.
Phong trào cầu cơ phổ biến đến mức hãng Parker Brothers sản xuất hàng loạt bàn cầu cơ có ký tự vào năm 1890. Nhà buôn Elijah Bond tung ra thị trường toàn Châu Âu bàn cầu cơ mang thương hiệu Parker Brothers và nhanh chóng chiếm được 1 thị phần nhất định.
Đến năm 1914, tiến sĩ William Crockes (Anh) đã báo cáo luận án nghiên cứu hiện tượng cầu cơ trong tập tài liệu có tiêu đề "Thông công với cõi vô hình" tại Đại hội Thần học thế giới diễn ra tại London.
Kể từ đó, phong trào cầu cơ bùng phát ở Pháp rồi lan nhanh sang các nước thuộc địa trong đó có Việt Nam.
Mặc dù các nhà tâm lý học đã thực hiện nhiều cuộc nghiên cứu chỉ ra rằng, cầu cơ chỉ là kết quả của "hiệu quả vô thức" (ideomotor effect) nhưng những tín đồ của cầu cơ vẫn tin rằng, đó là phương tiện duy nhất để liên hệ với những người đã chết.
Dạo đó, nhiều nhân sỹ, trí thức miền Nam thường mời thân hữu đến nhà tổ chức cầu cơ đối đáp thi phú với linh hồn ma quỷ hoặc thần tiên như một kiểu giải trí thời thượng.
Trong một phúc trình của viên thanh tra Pháp tên Lalaurette gởi cho Thống đốc Nam kỳ năm 1924 viết rằng: "Giới công tư chức Nam Kỳ nổi lên một phong trào tìm hiểu và thực hành thông công với thế giới siêu hình qua sách vở chữ Pháp do hội Thông thiên học truyền bá, với các tác giả như Allan Kardec, Flammarion, Blavatsky, Annie Besant, Olcott. Một làn sóng thông linh học lan tràn khắp Đông Dương".
Trước tình hình đó, chính quyền Pháp ban hành một loạt sắc luật cấm cầu cơ. Dù vậy, việc cầu cơ vẫn xuất hiện khắp Đông Dương. Một số quan chức chính quyền địa phương ở Nam Kỳ vẫn ngấm ngầm lập đàn cầu cơ tại tư gia. Có người còn xây cất hương án cố định để hàng đêm liên lạc với cõi vô hình như: Đàn Hiệp Minh (ở Cái Khế, Cần Thơ); Đàn Minh Thiện (Thủ Dầu Một); Đàn Chợ Gạo (Tiền Giang); Đàn Miếu Nỗi (Bình Thạnh, TP.HCM); Đàn Cao Lãnh (Đồng Tháp)…
Năm 1902, tri phủ Ngô Minh Chiêu được một người quen giới thiệu tham dự một phiên hầu đàn cầu cơ ở Thanh An tự, Thủ Dầu Một. Tại buổi cầu cơ này, ông Ngô Minh Chiêu được một vị tiên ông giáng cơ bút đối đáp bằng thơ.
Đến năm 1917, nghe tin Đàn Hiệp Minh (Cái Khế, Cần Thơ) được nhiều vị tiên giáng cơ, ông Ngô Minh Chiêu thường xuyên tìm đến hầu đàn vấn đáp bằng thi phú.
Sau đó, ông Ngô Minh Chiêu tự lập đàn cầu cơ bút tại nhà riêng của mình ở Tân An (Long An). Hàng đêm, ông mời thân hữu đến nhà xướng họa thơ với "đấng vô hình" trong các buổi cầu cơ. Những thân hữu này đều là những người có địa vị xã hội như: Hương bộ Lê Kiển Thọ, thầy giáo Nguyễn Văn Vân, nhà giáo kiêm soạn giả nổi tiếng Trần Phong Sắc… Lịch sử đạo Cao Đài ghi nhận rằng, vào một đêm cầu cơ năm 1920, bất ngờ một "đấng vô hình" xưng là "Cao Đài Tiên Ông" thu nhận ông Ngô Minh Chiêu làm đệ tử để truyền dạy một thuyết đạo mới.
Tháng 10 - 1920, ông Ngô Minh Chiêu được chính quyền thuộc địa cử sang đảo Phú Quốc làm tri huyện. Tại đây, ông Chiêu cầu cơ xin Tiên Ông Cao Đài ban cho một biểu tượng của tôn giáo mới.
Rạng sáng ngày 20 - 4 - 1921, ông Chiêu bất ngờ trông thấy nơi chân trời giáp mặt biển xuất hiện một vầng hào quang. Giữa vầng hào quang hiện rõ một con mắt thật lớn. Từ đó, hình Thiên Nhãn được lấy làm biểu tượng của đạo Cao Đài. Và ông Ngô Minh Chiêu trở thành giáo chủ đạo Cao Đài hệ phái Chiếu Minh.
Đến cuối năm 1925, một nhóm nhân sỹ trí thức thường xuyên cầu cơ giải trí tại Sài Gòn cũng bắt gặp "Cao Đài Tiên Ông" giáng cơ thu nhận làm đệ tử. Chủ xướng nhóm này gồm các ông Cao Quỳnh Cư, Cao Hoài Sang và Phạm Công Tắc. Sau này có thêm ông Lê Văn Trung, bà Lâm Hương Thanh.
Theo lời hướng dẫn của Cao Đài Tiên Ông qua cầu cơ, ngày 16 - 02 - 1925, nhóm nhân sỹ trên lập 1 đàn cầu đạo tại tư gia ông Cao Quỳnh Cư ở đường Bourdais (nay là đường Calmette, quận 1, TP. Hồ Chí Minh).
Ngày 18 - 11 - 1926, được tín đồ ghi nhận là ngày khai đạo "Đại đạo Tam kỳ Phổ độ Cao Đài" (gọi tắt là Cao Đài Tây Ninh) tại ngôi chùa Gò Kén, tức Từ Lâm Tự - Một ngôi chùa Phật giáo ở Tây Ninh. Chùa Gò Kén do Hòa thượng Thích Như Nhãn (tức Hòa thượng Thích Giác Hải) trụ trì.
Sau lễ khai đạo, Hòa thượng Thích Như Nhãn yêu cầu đạo Cao Đài đi tìm nơi khác xây dựng cơ sở thờ tự. Nhóm môn đệ Cao Đài đi tìm mua 1 cuộc đất rừng 50 ha ở làng Long Thành (bây giờ là Hòa Thành, Tây Ninh) từ một người Pháp tên là Aspar để xây "tổ đình". Theo phong thủy thì vùng đất nơi ấy có 6 mạch nước ngầm hội tụ, gọi là "lục long phò ấn".
Trung tâm cuộc đất được chọn làm nơi xây tổ đình, tức Tòa Thánh.
Chọn được địa điểm xây dựng Tòa Thánh, những người khai đạo bắt đầu vận động tín đồ góp công, góp của xây dựng. Hàng chục ngàn lượt tín đồ từ khắp nơi nghe tin xây dựng tổ đình đã lần lượt kéo về tham gia xây dựng, trong đó có không ít tín đồ ở Campuchia. Ngày khởi công được đánh dấu là 16 - 03 - 1927. Tuy nhiên vì nhiều lý do, mãi đến năm 1931, công trình mới chính thức được động thổ.
Chỉ huy công trình là những vị trong nhóm khai đạo. Điều đáng ngạc nhiên là, những người trong nhóm khai đạo chưa từng kinh qua kiến thức xây dựng cơ bản. Họ cũng không vẽ trước bản kiến trúc mà xây dựng theo sự hướng dẫn của cơ bút.
Căn cứ vào cơ bút thì tổ đình, tức Tòa Thánh Tây Ninh được "đấng bề trên" phác họa thành 3 phần: Bát Quái Đài, Cửu Trùng Đài và Hiệp Thiên Đài. Cả 3 tòa kiến trúc này dính liền với nhau tạo thành Tòa Thánh, chiều ngang 27 mét và chiều dài 135 mét.
Sau 3 lần xây dựng dở dang vì nhiều lý do, ngày 14 - 02 - 1936 ông Phạm Công Tắc - Giáo chủ đạo Cao Đài - đứng ra trực tiếp chỉ huy công trình. Lần xây dựng thứ 4 này, Giáo chủ Phạm Công Tắc huy động 500 tín đồ nam, nữ lập đàn tuyên thệ đồng trinh giữ tịnh khiết suốt thời gian trực tiếp tham gia xây dựng. Những tín đồ này phải thề không lấy chồng, lấy vợ.
