Luật Di sản văn hóa được ban hành đã lâu, trong tình hình hiện nay cũng đã phát sinh một số hạn chế trong công tác quản lý di sản văn hóa tại TP. HCM
Cụ thể, Luật Di sản văn hóa năm 2001 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Di sản văn hóa năm 2009 và Nghị định số 98/2010/NĐ-CP ngày 21 tháng 9 năm 2010 chủa Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Di sản văn hóa và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Di sản văn hóa:
Chưa quy định quyền lợi, trách nhiệm của tổ chức, cá nhân quản lý trực tiếp di tích lịch sử - văn hóa; do đó, việc xử lý trách nhiệm khi xảy ra hành vi vi phạm Luật Di sản văn hóa gặp nhiều khó khăn.
Chưa quy định cụ thể khoảng cách, khoảng lùi, quy mô, màu sắc kiến trúc công trình xây dựng gần khu vực bảo vệ di tích có khả năng ảnh hưởng xấu đến di tích; do đó việc bảo vệ cảnh quan khu vực tiếp giáp khu vực bảo vệ di tích gặp nhiều khó khăn.
Việc tu bổ, phục hồi di tích ngoài việc thực hiện các quy định của Luật Di sản văn hóa, các Nghị định, Thông tư hướng dẫn có liên quan đến Luật Di sản văn hóa còn phải thực hiện các quy định khác của Luật Xây dựng, Luật Phòng cháy và Chữa cháy, Luật Bảo vệ môi trường, Luật Đấu thầu, Luật Đầu tư công... đã gây nhiều khó khăn cho việc đầu tư tu bổ, phục hồi di tích, đặc biệt là công trình sử dụng nguồn vốn xã hội hóa.
Bên cạnh đó, một bộ phận công chúng đến tham quan di tích còn thiếu ý thức đối với bảo tồn, gìn giữ di sản dẫn đến tình trạng cơ sở hạ tầng bị hư hỏng. Việc hiểu biết các quy định pháp luật về Di sản văn hóa của một số tổ chức, cá nhân quản lý trực tiếp di tích còn hạn chế, hiện tượng bất đồng nội bộ tranh chấp đất đai giữ người dân và di tích vẫn còn diễn ra.
Đội ngũ quản lý trực tiếp tại di tích đa phần được cộng đồng dân cư bầu lên, do đó ít người có trình độ chuyên môn quản lý di sản văn hóa. Một số tổ chức cá nhân trông coi trực tiếp tại di tích để xảy ra việc mất trộm hiện vật như tại đình Linh Tây, đình Bình Tây, đình Khánh Hội, đình Bình Đông, Lăng Lê Văn Duyệt.
Hoạt động liên kết giữa các bảo tàng, các di tích lịch sử văn hóa với các Công ty du lịch còn chưa chặt chẽ, do đó việc thu hút du khách tham quan và các hoạt động khác như nghiên cứu, sưu tầm chưa được tốt. Công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật về bảo vệ và phát huy giá trị di tích lịch sử - văn hóa chưa được thực hiện xuyên suốt và sâu rộng đến với người dân.
Chưa thực hiện tốt việc điều chỉnh khoanh vùng các khu vực bảo vệ di tích đối với các di tích được xếp hạng trước khi có Luật Di sản văn hóa để phù hợp trong tình hình thực tế hiện nay. Việc tổ chức cho du khách đến thăm quan cho di tích cấp tỉnh cũng gặp nhiều khó khăn do đa phần di tích có quy mô nhỏ, phân tán.
Việc lập hồ sơ khoa học để xếp hạng di tích lịch sử - văn hóa và danh lam thắng cảnh, cũng gặp nhiều khó khăn theo quy định hiện hành: Việc xếp hạng phải có Đơn đề nghị (nếu sở hữu tư nhân), văn bản đề nghị (nếu là đơn vị, cơ quan đang quản lý); do đó, nếu chưa có đơn, chưa có văn bản đề nghị thì chưa thể tiến hành lập hồ sơ khoa học xếp hạng di tích.
Ngoại trừ các di tích tiêu biểu như Địa đạo Củ Chi, Căn cứ Rừng Sác, Dinh Thống nhất…; đa phần các di tích còn lại, Ban Quản lý di tích không được đào tạo chuyên môn, không giỏi về ngoại ngữ; do đó công tác phát huy giá trị di tích còn nhiều hạn chế.
