Chùa xây hầm bí mật và tổ chức bảo vệ, nuôi giấu cán bộ cách mạng: Cố Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam Nguyễn Văn Linh, nguyên Phó Chủ tịch Hội đồng Nhà nước Huỳnh Tấn Phát, hòa thượng Thích Minh Nguyệt - Cố Phó Pháp chủ Hội đồng Chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Chùa còn là cơ sở của Ban Trí vận Khu ủy, tiếp đón đồng chí Nguyễn Hữu Thọ và các nhà trí thức yêu nước.
Chùa Thiên Tôn được nhận Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2008 và được công nhận Di tích lịch sử cấp Thành phố năm 2011. Năm 2022, chùa Thiên Tôn trở thành một trong những địa điểm tham quan của tour du lịch “Ký ức Sài Gòn - Chợ Lớn” do UBND Quận 5 công bố.
