Trong 2 cuộc kháng chiến chống ngoại xâm, chùa Vĩnh Tràng còn là nơi ẩn cư, nuôi dưỡng nhiều cán bộ, chiến sĩ cách mạng. Trải qua chiều dài lịch sử, qua 2 cuộc chiến tranh tàn phá, nhưng những nét cổ kính của ngôi chùa này vẫn được gìn giữ gần như nguyên vẹn cho đến nay.
Chùa Vĩnh Tràng xưa chỉ là cái am nhỏ, mái lá, vách đất, do Tri huyện Bùi Công Đạt (làm quan dưới triều vua Minh Mạng) phát nguyện xây cất vào đầu thế kỷ XIX để tu dưỡng tinh thần sau khi về hưu. Vì vậy người dân địa phương quen gọi là “Chùa Ông Huyện”.
Lúc bấy giờ có Hòa thượng Minh Khiêm - Hoằng Ân là một vị danh Tăng từ chùa Giác Lâm ở Gia Định (nay là TP. Hồ Chí Minh) vân du về vùng Đồng bằng sông Cửu Long hóa đạo. Đến Mỹ Tho, ngài được Hòa thượng Từ Lâm, trụ trì chùa Bửu Lâm kính trọng, mời về chùa cầu pháp và thỉnh ngài thuyết giảng Phật pháp cho phật tử. Vợ chồng ông huyện Đạt cũng thường đến thính pháp. Hòa Thượng giảng kinh rất hay, nên ông bà huyện Đạt xin quy y, làm phật tử tại gia và thỉnh Hòa thượng viếng thăm ngôi chùa của mình. Được Hòa thượng Minh Khiêm giới thiệu, ông bà huyện Đạt lên chùa Giác Lâm thỉnh Hòa thượng Huệ Đăng về trụ trì ngôi am tranh của mình.
Năm 1849, Hòa thượng Thích Huệ Đăng vận động tín đồ xây dựng thành ngôi đại tự, theo lối kiến trúc của chùa Giác Lâm, nhưng to lớn hơn, với 178 cây cột, 2 sân thiên tỉnh, 5 lớp nhà, hoàn thành vào năm 1849, với tên Vĩnh Trường, xuất phát từ hai câu đối: “Vĩnh cửu đối sơn hà / Trường tồn tề thiên địa”, thế nhưng người dân trong vùng quen gọi là chùa Vĩnh Tràng. Hòa thượng viên tịch vào năm 1864 giữa lúc công trình xây dựng đang dang dở. Người kế vị Hòa thượng Huệ Đăng là Hòa thượng Minh Đề nối tiếp công việc trùng tu ngôi chùa. Không bao lâu Hòa thượng Minh Đề cũng viên tịch, chùa Vĩnh Tràng rơi vào cảnh hương tàn khói lạnh.
Đến năm 1890, tín đồ đã đến chùa Sắc Tứ Linh Thứu thỉnh Hòa thượng Trà Chánh Hậu, húy Quảng Ân về trụ trì chùa Vĩnh Tràng. Năm 1895, Hòa thượng Chánh Hậu cùng bổn đạo trùng tu toàn bộ ngôi chùa. Đến năm 1904, do một trận bão lớn, chùa lại bị tàn phá, vì vậy mà 3 năm sau (năm 1907) chùa Vĩnh Tràng mới được trùng tu hoàn thành. Hòa thượng còn cho xây dựng lại bảo tháp Tổ Huệ Đăng và phần mộ của ông bà Bùi Công Đạt để tưởng niệm công ơn các bậc tiền bối. Ngoài ra, Hòa thượng còn mua thêm 12 sở đất để làm tài sản cho chùa, giúp hậu thế có cơm gạo để an tâm tu học.
Chùa Vĩnh Tràng còn có các cột, bao lam, hoành phi, câu đối... chạm khắc gỗ độc đáo: 2 đôi long trụ được làm từ gỗ quý, chạm khắc hình rồng uốn lượn rất sinh động, tinh xảo; riêng đôi phía ngoài chạm tứ linh, do bà Lê Thị Ngởi ở huyện Ba Tri (tỉnh Bến Tre) hiến cúng vào năm 1909. Nét đặc biệt là đôi long trụ này có lối sắp xếp bố cục độc đáo, có một không hai: Chạm chim phượng đứng trên đầu rồng.
Trong 7 bộ bao lam chính và nhiều bao lam phụ, đặc sắc nhất là bộ bao lam “Bát tiên cưỡi thú” được chạm trổ tinh xảo, mỗi vị một tư thế, cưỡi trên một con thú và cầm bửu bối khác nhau, bên trái có 4 vị: Tiểu đồng đứng trên lưng rùa với tay quảy chiếc giỏ tre, 1 tiên sinh cưỡi ngựa với tay cầm ống bút, 1 thư sinh cưỡi hổ thổi sáo, 1 ông lão cưỡi Đề Thính vuốt râu và bên phải có 4 vị: Một vị trung niên cưỡi trâu tay cầm bình hồ lô, 1 tiên nữ cưỡi hạc cầm hoa sen, 1 tiên sinh cưỡi lộc với tay vuốt râu, 1 ông lão kỳ lân với phất trần trên tay; và trên bao lam bát tiên còn có thần mặt trời cưỡi rồng và thần mặt trăng cưỡi phụng được chạm trổ rất công phu, do các nghệ nhân tại địa phương thực hiện vào khoảng năm 1907 - 1908.
Năm 1930, Hòa thượng Minh Đàn đứng ra trùng tu lại chùa, quy mô, kiểu cách hài hòa giữa văn hóa xứ chùa Tháp và lối kiến trúc phương Tây như hiện nay. Đặc biệt, ngài cho xây dựng lại cổng tam quan, mặt tiền chùa, chánh điện, nhà thờ Tổ và bảo tháp Hòa thượng Bổn sư bằng đá trắng của xứ Đà Nẵng.
Cổng tam quan tráng lệ do những nghệ nhân xứ Huế thực hiện năm 1933, kinh phí do 2 ông Huỳnh Tri Phú và Lý Văn Quang hỗ trợ. Hai cổng bên xây gạch vươn cao như hai tòa lâu đài cổ. Nét độc đáo của cổng tam quan chùa Vĩnh Tràng thể hiện ở nghệ thuật ghép mảnh sành, mảnh sứ để tạo nên những bức tranh với nhiều màu sắc hài hòa, minh họa những sự tích nhà Phật, những truyện tích dân gian và những đề tài: Tứ quý, tứ linh, hoa lá… Tầng lầu thượng của cổng tam quan có vòm cửa rộng, bên phải đặt tượng Hòa thượng Chánh Hậu, bên trái đặt tượng Hòa thượng Minh Đàn, đều đắp bằng xi măng giống như người thật, do điêu khắc gia Nguyễn Phi Hoanh thực hiện.
Tháng 10-2005, Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Tiền Giang quyết định thay đổi 2 tượng ở cổng này: Tượng Phật Di Đà thay thế tượng Hòa thượng Chánh Hậu, tượng Phật Thích Ca thay thế Hòa thượng Minh Đàn. Tượng của hai Hòa thượng được đem vào tôn trí tại nhà Tổ cho đến ngày nay.
Nhìn tổng quan bên ngoài, kiến trúc chùa là sự giao thoa giữa Á và Âu một cách lạ mắt nhưng hài hòa. Tuy nhiên, kiến trúc bên trong chùa vẫn mang đậm lối kiến trúc điêu khắc truyền thống Việt Nam. Phía trong ngôi chính điện và nhà Tổ làm theo kiểu Trung Quốc nhưng vẫn giữ được nét kiến trúc Việt Nam và kiểu nhà Nam bộ 5 gian 2 chái; nối 2 ngôi này là 2 dãy Đông, Tây lang một giếng trời, có hòn non bộ ở giữa.
Chùa còn bảo tồn 60 tượng quý, được tạo tác bằng đồng, gỗ, đất nung, tất cả đều được thếp vàng rực rỡ; trong đó có giá trị nghệ thuật nhất là bộ tượng 18 vị La Hán nằm ở hai bên tường chánh điện được tạc từ gỗ mít vào đầu thế kỷ XX. Trong chùa hiện còn hơn 20 bức tranh sơn thủy rất giá trị, mang đậm nét dân gian Việt Nam, in hình mai, lan, cúc, trúc, hình phong cảnh Việt Nam rất nên thơ, do Long Giang cư sĩ phác họa năm 1904.
Bên cạnh đó, trên điện Phật có 1 bộ bao lam chạm trổ công phu, ghi dòng chữ “Vô lượng thọ” ở phía bên trái và “Vô lượng quang” phía bên phải. Còn hoành phi và câu đối đều được chạm bằng gỗ quý và sơn son thếp vàng. Ở tiền đường có 1 bức hoành phi chạm chữ “Hoàng kim bửu điện” được khắc từ năm 1851, đến nay vẫn còn khá đẹp và 2 cặp câu đối. Trong chánh điện có 4 bức hoành phi, trong đó 1 bức được chạm khắc bằng gỗ với ba chữ “Vĩnh Trường tự” được đặt ở giữa chánh điện, 1 bức được chạm khắc bằng sơn mài cẩn xà cừ ghi: “Đại hùng bửu điện”, 2 bức còn lại được chạm khắc bằng gỗ ghi: “Pháp luân thường chuyển”, “Thường đạo hà xương” và 4 cặp câu đối. Sau chánh điện cũng có 1 bức hoành phi ghi “Vĩnh Trường tự”...
Xung quanh chùa là những vườn cây cảnh trồng nhiều loại hoa thơm cỏ lạ, những hồ nước thơm ngát hương sen và những cây cổ thụ che trùm bóng mát, tạo nên sự hài hòa tuyệt vời giữa khung cảnh thiên nhiên với không gian kiến trúc, làm chùa thêm cổ kính, thâm nghiêm. Gần đây, chùa đã xây dựng thêm 3 tượng Phật lớn: tượng Phật đứng, Phật ngồi và Phật nằm trong khuôn viên chùa, trông rất trang nghiêm, thanh tĩnh.
Theo các chuyên gia văn hóa, vẻ đẹp của chùa Vĩnh Tràng tập trung ở nghệ thuật tạo hình và có thể xem ngôi chùa này là sự phản ánh lịch sử mỹ thuật của đất Tiền Giang. Ngày 30-8-1984, chùa được xếp hạng Di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia và được xếp hạng Di tích nghệ thuật kiến trúc cấp quốc gia ngày 6-12-1989.
Năm 2007, chùa Vĩnh Tràng được kỷ lục Guinness Việt Nam công nhận là “Ngôi chùa đầu tiên ở Việt Nam có các kiến trúc kết hợp giữa phương Đông và phương Tây”. Năm 2013, Liên hiệp Các hội UNESCO Việt Nam công nhận chùa Vĩnh Tràng là Điểm du lịch văn hóa tâm linh trong Chương trình Việt Nam - Những điểm đến ấn tượng.
