Chùa được tạo dựng năm 1740 nhưng mãi đến năm 1800 – 1810 Hòa thượng Đạo Chơn Quang Huy từ Phú Yên vào hoằng pháp trên đất Bình Thuận mới được dân làng cung thỉnh về trụ trì chùa Liên Trì. Năm Bính Tý 1812 – Gia Long thứ 10, tại chùa Triều Tôn, phủ Phú Yên, Hòa thượng Đạo Chơn Quang Huy cho đúc một quả đại hồng chung cao 1,5m được đem vào chùa Liên Trì. Năm Tân Hợi 1851, Hòa thượng viên tịch. Hòa thượng Đạo Tín Hải Chấn kế vị trụ trì. Vị Hòa thượng này đã tậu 15 mẫu ruộng để tiếp tăng độ chúng. Theo chư tăng, chính vị Hòa thượng Hải Chấn đã truyền bá khoa nghi ứng phú đạo tràng đầu tiên tại Bình Thuận và ngài đã dùng âm điệu tang đẩu Phú Yên cải biên thành tang đẩu Bình Thuận. Do đó, chùa Liên Trì trước đây là nơi giảng dạy khoa ứng phú đạo tràng cho chư tăng Bình Thuận do Hòa thượng Đạo Tín Hải Chấn trực tiếp.
Năm 1855 - Tự Đức thứ 9, Hòa thượng Tăng Cang Liễu Thành trùng tu lại chùa Liên Trì. Theo đó, chùa được xây tường vôi, lợp ngói âm dương, kiến trúc theo hình chữ khẩu: phía trước là chánh điện, cách sân nhỏ phía sau là hậu tổ, nối liền chánh điện và nhà tổ là Đông, Tây lang. Chánh điện Phật tôn trên cao bằng 3 pho tượng Phật tam than bằng đồng cao 1m. Tầng dưới thờ Phật Thích Ca, Quan Thế Âm, Di Lặc, Hộ Pháp. Trái và phải thờ tổ Đạt Ma và Quan Thánh về sau đổi lại thờ Quán Thế Âm và Địa Tạng. Đối diện hai bên thờ Ngọc hoàng, Thập điện, Thánh mẫu, Tiêu Điện Đại sĩ… Hầu hết các pho thượng đều làm bằng đồng rất quý. Nhà Tổ thờ tổ và chư tiên linh, theo long vị thờ tại Tổ đường có các vị Hòa thượng truyền từ đời thứ 37 đến 42 dòng Lâm Tế Chánh Tôn. Hiện nay, chùa còn lưu giữ chiếc khánh đồng, trên mặt có khắc dấu càn khôn đúc vào đời Lê Cảnh Hưng; chuông gia trì, bảo chúng, đại hồng chung, mõ và nhiều pho tượng Phật, Bồ tát, Thánh bằng đồng rất có giá trị về mặt nghệ thuật.
Năm 1960, Ban hộ tự xây dựng cổng tam quan, tu sửa mặt tiền chánh điện và sơn thếp các tượng thờ. Năm 1999, trùng tu lại chánh điện, nhà Tổ, lầu chuông trống. Chùa Liên Trì là một trong những ngôi chùa cổ nổi tiếng của Phật giáo Bình Thuận, đã tồn tại trên 300 năm, gắn chặt trong tâm hồn phật tử Phan Thiết.
(Theo Báo Bình Thuận)