
Chùa quay về hướng Nam, nằm trên một khu đất cao bằng phẳng của thôn Đông xưa. Từ ngoài vào, thứ tự của kiến trúc như sau: cổng tam quan có 4 trụ lớn, trên trụ xây hình trái dành. Chùa chính làm theo kiểu chữ Công gồm tiền đường, nhà thiêu hương và hậu cung. Nhà tiền đường gồm 5 gian, hai chái, lợp ngói ta, bít đốc, vì kèo kiểu chồng rường giá chiêng hạ kẻ, chạm khắc gọn và sắc nét. Hậu cung có ba gian, 2 chái, xây gạch vồ vững chắc. Song song với hậu cung là hai dãy tịnh xá, 6 gian, nối tiền đường với nhà Tổ. Nhà Tổ, nhà thờ Mẫu 7 gian, kiến trúc đơn giản, thờ các vị sư tổ của chùa và Tam phủ (còn gọi là điện Lưu Ly). Đây là một công trình khép kín còn nguyên vẹn.
Tổng số tượng còn lưu giữ trong chùa là 52 pho, bài trí tượng Phật trong chùa cũng giống như các chùa khác trong vùng. Ở vị trí cao nhất sát hậu cung là 3 vị Tam thế, khuôn mặt nữ, ngồi trên tòa sen. Lớp thứ hai gồm tượng A Di Đà lớn, hai bên là tượng Quan Thế Âm và Đại Thế Chí. Tiếp dưới có tượng Phật nhập Niết bàn, hai bên là hai vị Bồ Tát cỡi trên lưng Thanh sư và Bạch tượng. Sau nữa là tượng Di Lặc, hai bên là tượng Bồ Tát và Ngọc Hoàng. Ngoài cùng là tượng Cửu Long và Nam Tào, Bắc Đẩu. Dịch ra ngoài, sát nhà thiêu hương là hai dãy Thập điện Diêm Vương. Những pho tượng ở nhà tiền đường là Đức Ông, Giám Trai và hai pho tượng Khuyến Thiện, Trừng Ác.
Ngoài ra chùa còn có một chuông đồng đúc năm Cảnh Thịnh thứ 2 (năm 1784), trên có bài minh 1000 chữ. Đây là quả chuông vào loại lớn và cổ. Chùa còn lại 4 bức hoành phi, 11 câu đối, 2 bài thơ, 4 cửa võng, tất cả đều sơn son thếp vàng, nét chạm ở triều Nguyễn, nội dung ca ngợi đạo Phật, phong cảnh chùa, thuyết giáo về điều thiện của đạo Phật…
Chùa Mật Dụng là một kiến trúc Phật giáo hầu như còn giữ được nguyên vẹn, từ kiến trúc cho đến tượng Phật, đồ tế khí. Đây là một di tích quý cho việc nghiên cứu Phật giáo ở Thủ đô cũng như cả nước cần được bảo lưu, tôn tạo thành một địa điểm tham quan du lịch, nghiên cứu khoa học.
Chùa Mật Dụng đã được Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ VHTTDL) xếp hạng là di tích lịch sử – văn hóa năm 1989.