Công viên địa chất Toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng có một hệ thống các khu bảo tồn, gồm: 1 vườn quốc gia, 5 khu bảo tồn loài - sinh cảnh, 5 khu bảo vệ cảnh quan, 1 khu bảo tồn đất ngập nước nội địa và 2 hành lang đa dạng sinh học. Hầu hết các khu vực này đều nằm trong phạm vi CVĐC Cao Bằng. Vườn Quốc gia Phja Oắc - Phja Đén: Diện tích 11.960 ha, có 9 hệ sinh thái, trong đó hệ sinh thái rừng tự nhiên có diện tích 8.584,85 ha, chiếm 71,78%, với 47 loài thực vật quý hiếm và 66 loài động vật quý hiếm có trong Sách đỏ Việt Nam; 5 khu bảo tồn loài - sinh cảnh.
Bên cạnh hệ thực vật phong phú, Công viên địa chất Toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng còn có các giá trị về nguồn gen động vật nuôi bản địa và các loại động vật hoang dã có tầm quan trọng đặc biệt về giá trị khoa học và bảo tồn, đó là nguồn gen vô cùng quý của hệ động vật hoang dã không chỉ của tỉnh Cao Bằng mà còn cả đối với Việt Nam và thế giới.
Năm 2002, qua điều tra, khảo sát của Tổ chức Fauna & Flora International (FFI), các nhà khoa học đã phát hiện một quần thể với khoảng 26 cá thể vượn không đuôi, tay dài, vượn trưởng thành nặng khoảng 7-8kg trong khu rừng nhỏ, thuộc 2 xã Phong Nậm và Ngọc Khê thuộc huyện Trùng Khánh, giáp biên giới Trung Quốc. Qua phân tích ADN và tiếng hót, các nhà khoa học đã khẳng định đây là loài vượn Cao Vít - một loài linh trưởng đặc biệt quý hiếm và cực kỳ nguy cấp trên thế giới. Loài nằm trong danh sách của 25 loài linh trưởng có nguy cơ tuyệt chủng cao nhất trên thế giới, đứng thứ 9 khu vực châu Á và là một trong 5 loài nguy cấp tại Việt Nam.
Vượn Cao Vít được ghi nhận ở Việt Nam từ năm 1884 và năm 1965 thu được 3 tiêu bản ở huyện Trùng Khánh. Từ đó cho đến năm 2000, loài vượn này được coi là tuyệt chủng do không có bất cứ ghi nhận nào về sự tồn tại của loài. Vượn Cao Vít có đặc điểm con đực toàn thân màu đen và có chỏm mào trên đỉnh đầu, con cái trưởng thành lông vàng, có mảng lông đen và không có chỏm; con non lông màu vàng. Chúng sống thành từng nhóm nhỏ trên cây, di chuyển bằng hai tay rất nhanh. Mỗi sớm, chúng cất tiếng hót “cao vít,” “ka huýt”... kéo dài nên dân địa phương thường gọi là vượn Cao Vít hay Ka Huýt.
Nhằm bảo tồn loài linh trưởng đặc biệt quý hiếm này, tỉnh thành lập Dự án bảo tồn vượn Cao Vít, hoạt động từ tháng 3/2004. Năm 2007, FFI đã hỗ trợ tỉnh thành lập khu bảo tồn vượn Cao Vít rộng 1.656,80 ha thuộc địa phận các xã Ngọc Khê, Ngọc Côn và Phong Nậm của huyện Trùng Khánh. Năm 2009, FFI tiếp tục phối hợp với Cục Lâm nghiệp tỉnh Quảng Tây (Trung Quốc) bảo vệ vùng rừng liền kề rộng hơn 6.530 ha tại huyện Trịnh Tây.
Công viên địa chất Non nước Cao Bằng với địa hình núi đá vôi đa dạng, nhiều hang hốc kín đáo, nhiều hệ sinh thái rừng… là nơi trú ẩn thích hợp cho các loài động vật trong điều kiện biến đổi khí hậu như hiện nay. Đây là tiềm năng lớn để Công viên địa chất toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng phát triển các mô hình du lịch sinh thái, thám hiểm, nghiên cứu về đa dạng sinh học... thu hút các nhà khoa học cũng như du khách trong và ngoài nước đến tham quan, nghiên cứu.
Với các giá trị tiêu biểu nêu trên, có thể nhận thấy rằng Công viên địa chất toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng là tải sản vô vùng quý giá, không chỉ của cộng đồng các dân tộc tỉnh Cao Bằng, của Việt Nam mà của cả nhân loại. Công viên địa chất toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng được công nhận vào mạng lưới Công viên địa chất toàn cầu UNESCO là một trong những danh hiệu di sản cao quý và có ý nghĩa. Danh hiệu này vinh danh những giá trị về khoa học địa chất theo những tiêu chí khắt khe, vẻ đẹp của danh lam thắng cảnh, văn hóa và đa dạng về sinh học của địa phương, mặt khác, đây còn là mô hình phát triển kinh tế - xã hội bền vững mà nhiều quốc gia trên thế giới, nhất là các nước đang phát triển theo đuổi.
Theo Ban Quản lý Công viên địa chất Toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng: Năm 2024, Công viên địa chất Toàn cầu UNESCO Non nước Cao Bằng đăng cai Hội nghị Quốc tế Châu Á - Thái Bình Dương lần thứ 8, đây sẽ là cơ hội để Ban Quản lý giới thiệu, tuyên truyền quảng bá về các giá trị địa chất, địa mạo đặc biệt là các giá trị về động, thực vật tại địa phương, để kêu gọi sự ủng hộ của UNESCO, Mạng lưới Công viên địa chất toàn cầu. Việc xây dựng và phát triển bền vững Công viên địa chất theo định hướng của UNESCO không chỉ góp phần phát triển du lịch, bảo tồn các giá trị sinh học của địa phương còn góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế của các huyện, thành phố trong vùng Công viên địa chất.
