Ngôi miếu nổi nằm giữa lòng sông.
Thế nhưng, điều làm người ta tò mò về ngôi miếu bí ẩn này lại chính là việc trong ngôi miếu có hàng trăm con rồng, đủ kích cỡ to nhỏ khác nhau, với những tư thế hùng dũng uy nghiêm và câu chuyện về một người trinh nữ chết thảm ở chính ngôi miếu này.
Theo những bậc cao niên trong vùng, vào khoảng giữa thế kỷ 18, khi ấy, vùng đất Gia Định này còn vô cùng hoang sơ, thưa thớt dân cư. Có một người đàn ông làm nghề chài lưới, giữa đêm vô tình vớt được xác một trinh nữ mặc áo trắng ở thượng nguồn trôi về bèn đắp mộ, thờ cúng cho oan hồn người đã khuất. Ban đầu, chỉ là một ngôi mộ nhỏ với những vật liệu sơ sài tre, nứa, lá. Thế nhưng, nhờ đó mà cuộc sống sông nước của ông khấm khá hơn. Tiếng lành đồn xa, những ngư dân khác cũng theo nhau tới thắp hương, cầu phúc trước ngôi mộ mỗi đêm giăng lưới với hi vọng sẽ có nhiều tôm cá, thuyền ghe thuận lợi đi về.
Dần dà, không chỉ những ngư dân chài lưới quanh khúc sông Vàm Thuật mà những chủ ghe thuyền buôn bán, thương nhân đi qua sông Sài Gòn cũng nán lại thắp hương, dâng lễ. Trong số này, quan trọng nhất chính những chuyến thuyền của các thương nhân người Hoa buôn bán vùng Gia Định, Chợ Lớn xưa khiến Miếu Nổi cũng phát triển với nhiều nét kiến trúc, văn hóa của người Hoa đặc trưng. Nói không ngoa khi cho rằng, để có được kiến trúc đồ sộ, to lớn như ngày nay, ngôi miếu này chủ yếu được sự góp công sức của cải của những thương nhân này. Ở chiều ngược lại, hầu hết những thương nhân buôn bán ghé tới, trang trí, tu sửa ngôi miếu này cũng đều làm ăn thuận lợi, phát đạt. Trước giải phóng, nơi đây là một địa điểm ưa thích của những người Hoa xa quê hành hương, tìm về.
Đâu đâu ở miếu cũng được trang trí bằng hình con rồng.
Ngày nay, điều dễ nhận thấy nhất là ngôi miếu này nằm chơ vơ gần một ngã ba sông với những hình tượng con rồng độc đáo với rất nhiều chất liệu đặc biệt. Ngay cổng chính cũng là một đôi rồng làm bằng đá cẩm thạch uốn lượn theo thế song long đấu đầu vô cùng oai phong, lẫm liệt. Trong điện chính, các gian thờ bên trong, trái, phải đều có khắc rất nhiều đôi rồng theo thế long chầu rất sinh động, đẹp mắt. Ngoài ra, tám cột chính của miếu cũng đều có khắc rồng nổi uốn lượn ôm lấy thân cột vô cùng tinh xảo. Cuối cùng, hoành tráng nhất chính là hai con rồng dài chừng 15 mét ôm chọn mặt tiền của hòn đảo nhỏ nơi miếu tọa lạc. Có thể nói, Miếu Nổi chính là một vương quốc của rồng vì trên miếu có hàng trăm con rồng ở rất nhiều các tư thế, kiểu dáng khác nhau.
Cũng như ba trăm năm qua, ngày nay bất kỳ ai tới miếu cũng phải đi qua một chuyến đò ngang. Theo người lái đò, hầu hết người dân tìm tới miếu đều là người buôn bán, làm ăn bởi tương tuyền từ xa xưa, những thương nhân tìm tới miếu luôn được thuận lợi trong công việc.